Gdo lu ürünlerin sağlığımıza etkileri son yılların en tartışmalı konularından biridir.Bu konudaki ciddi araştırmaların çoğu kötü sonuçlar ortaya çıkartmakta, bu sonuçları örtbas edildiği iddiaları özellikle Amerika’da gündemi uzun süreler meşgul etmektedir. Öncelikle Gdo lu ürünlerin insanlar üzerinden yarattığı alerjik reaksiyonlar tartışılmaktadır. Çünkü Gdo lu ürünlerle temas eden insanların en çok şikayet ettiği konulardan biri alerjik reaksiyonlardır. Abd de son 10 yılda gıda alerjisi vakalarında %10 luk bir artış yaşanmıştır. Bu nedenle şikayet edilen bir çok ürün toplatılmış, sonradan farklı adlarla aynı ürünlerin yeniden piyasaya sürüldüğü ortaya çıkmıştır.
Genetiği değiştirilmiş ürünlerin gıda alerjisine neden olan bakteriler ürettiği artık tüm kesimlerce kabul edilmiş bir gerçektir.İkinci önemli konu ise Gdo lu ürünlerle beslenen insanların yaşadığı antibiyotik problemidir. Gdo lu beslenen hemen hemen tüm insanlarda antibiyotik ilaçlara karşı direnç oluştuğu , grip gibi hastalıkların tedavisinin çok zorlaştığı bilim kurumlarınca doğrulanmıştır. Gdo lu bitkilerde antibiyotik geni denen bir gen olduğunu , bunun gdo lu ürün tüketen insanların genetik yapısını ve vücut direncini bozduğu gözlenmiştir.Kısırlık oluşumu ise en ciddi problemlerden biridir.
Uzmanlar son 20 yıl içinde kısırlığın arttığını , bunun en büyük nedenlerinden birinin gdo lu besinler ile beslenme olduğunu belirtmiştir. Örneğin soya tüketimine bağlı araştırmalarda sperm sayısının %74 düştüğü gözlenmiştir. Ayrıca gdo lu ürünler yüksek oranda fitoöstrojen içermektedir. Bu madde yeni doğan çocuklarda organ bozuklukları ve kanseri tetiklemektedir.Gdolarla ilgili gizli tehlike ise direk gdolu ürün satılması yerine gdolu ürünün diğer ürünlerin içine katılmasıdır. Testipi çok zor olan bu yöntem krakerlerden hazır bebek mamalarına kadar bir çok yerde kullanılmaktadır.Toplamda mısır ve soyanın gdo lu olarak 800 farklı çeşidi raflarda alım beklemektedir.